Situado en la Costa Oriental de Cantabria, sus 6.678 ha., comprendidas en 10 municipios, albergan una excepcional riqueza de especies y ecosistemas.
Según indica su nombre, el parque está constituido por tres zonas que, aunque están separadas físicamente, quedan unidas por sus entornos de influencia.

Estas zonas son:

•  El estuario de los ríos Asón y Clarin, que constituyen el núcleo principal del Parque. Esta zona abarca parte de los municipios de Ampuero, Limpias, Voto, Colindres, Laredo, Argoños, Escalante y Santoña.
• La marisma de Victoria, una laguna prelitoral situada integramanente en el municipio de Noja.
• La marisma de Joyel formada por la ría de Quejo y las lagunas adyacentes, situada entre los municipios de Noja y Arnuero.

Este Parque Natural, junto al resto de los Espacios Naturales Protegidos de nuestra Región, constituyen la Red de Espacios Naturales Protegidos de Cantabria, cuya gestión es competencia del gobierno autonómico.
Aunque el ecosistema más destacado del Parque y el que le da nombre, son las marismas, no es el único. Aquí se pueden encontrar otros importantes ecosistemas como dunas, playas, acantilados costeros, encinares cantábricos, campiñas, lagunas de agua dulce, ríos y bosques caducifolios  que hacen de este Parque Natural un espacio de gran interés ambiental, donde, además, existe un rico patrimonio histórico y etnográfico.
La presencia de miles de aves acuáticas cada año, durante los pasos migratorios y la invernada hacen de este humedal el más importante del norte de España para la avifauna.
Fue la primera Zona de Especial Protección para la Aves (ZEPA) declarada en Cantabria y está considerada como Lugar de Importancia Comunitaria (LIC), formando parte de la Red Natura 2000. Además, estas marismas están incluidas en la lista de humedales de importancia internacional del Convenio de Ramsar.