GT1. Biogeografía: identificación de bioindicadores microbianos en la zona SUDOE. El objetivo principal de este GT es realizar un estudio biogeográfico para la caracterización de las comunidades microbianas en las zonas costeras y retro-litorales, comprendidas en el territorio del Sudoe y que abarca la costa atlántica (desde el sur de España incluida el territorio de Portugal, hasta Nueva Aquitania), y la zona del Mediterráneo (Islas Baleares y costa francesa).
GT2. Identificación del estado trófico de la columna de agua de la zona litoral del SUDOE. Este grupo de tareas tiene por objeto desarrollar el «indicador trófico» -ya utilizado en Francia en las marismas dulces- en varias zonas de España y Portugal y evaluar su robustez y los posibles cambios que le permitan adaptarse a diferentes contextos geográficos y climáticos. Se estudiarán tres tipos principales de humedales en cada país: bahías y estuarios, marismas saladas y marismas dulces.
GT3. Ecología experimental y validación de la herramienta bioindicadora en varios puntos de la zona SUDOE. Este GT tiene por objeto desarrollar y validar las herramientas de bioindicadores microbianos identificadas en el GT1; asociarlas a los indicadores tróficos (GT2); y crear un marco operacional a la escala espacial SUDOE necesario para la aplicación de estas herramientas para los territorios.